극장판 포켓몬스터: 뮤츠의 역습

포켓몬 마스터가 되고자, 그리고 자신들의 뿌리를 찾고자 모험을 시작한 나유타와 니아 앞으로 의문의 초대장이 도착한다. 아무 의심도 없이 바다를 건너 포켓몬 성으로 향한 나유타와 니아는 그곳에서 자신들을 기다리고 있는 최강 포켓몬 뮤츠와 마주치게 된다. 두 사람은 뮤츠와의 공통점을 발견하게 되는데…